Димитриос Дионисович Бердебес родился в 1889 году на острове Кефалония (Греция) в крестьянской семье. В 1914 году он переехал в тогдашнюю Российскую империю. До революции Димитриос Бердебес был владельцем буфета в Бессарабии, затем он переехал в Одессу, где работал булочником.
У Бердебеса как этнического грека было греческое подданство, в СССР он имел вид на жительство.
К моменту ареста Бердебес работал булочником в столовой Наркомата связи УССР. В первый день начала «греческой» операции НКВД, 15 декабря 1937 года, был выдан ордер на арест Бердебеса. Его арестовали на следующий день, 16 декабря 1937 года, в собственной квартире на улице Рейтарской, 8. При обыске у него изъяли только вид на жительство.
Бердебесу было предъявлено обвинение по ст. 54-6 УК УССР – «шпионская деятельность». На допросе, который был проведен через несколько дней после ареста, он признался в том, что якобы с 1931 года являлся «тайным агентом греческого консульства в Москве, по заданию которого шпионил в пользу Греции».
5 февраля 1938 Димитриоса Бердебеса приговорили к расстрелу. Приговор был риведен в исполнение 25 февраля 1938 года. Ему было 49 лет.
У Бербедеса остались жена и 13-летний сын-школьник.
В ноябре 1940 года прошение сына Бердебеса Александра на предмет пересмотра дела отца было отклонено.
Димитриос Дионисович Бердебес был реабилитирован в 1958 году.
Церемония установки таблички "Последнего адреса"