Роман Егорович Вагнер родился в 1885 году в местечке Новая Александрия Люблинской губернии (Польша) в семье известного русского химика-органика Егора Егоровича Вагнера. Роман, как и его старшие братья, пошел по стопам отца. Он окончил химический факультет Казанского университета, работал лаборантом в Варшавском политехническом институте. После начала Первой мировой войны институт был эвакуирован в Москву, туда же Роман переехал вместе в матерью. Затем институт был переведен в Нижний Новгород, и Роман Егорович последовал за ним.
К моменту ареста Роман Егорович работал заведующим кафедрой органической химии индустриального института им. А.А. Жданова в звании доцента.
Романа Егоровича арестовали по ложному доносу в ночь на 3 июля 1941 года. Он провел в следственном изоляторе девять с лишним месяцев. 25 апреля 1942 года Вагнер был приговорен к десяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере по обвинению в преступлениях, предусмотренных статьями 58-6, 58-10 ч.2, 58-11 (шпионаж, антисоветская пропаганда и агитация, антисоветская организационная деятельность).
В конце апреля жена Вагнера Лидия Михайловна получила от мужа письмо из тюрьмы, в котором тот просил прислать одну пару носок, кусок мыла, одну пару полотнянных портянок или брезентовые полуботинки на резиновой подошке, четверть кило кофе для заварки или какао, или 1/4-1 кг толокна, несколько сот меда или варенья, или соево-шоколадных конфет, или повидлы, галет 1-2 кило, буханку белого хлеба, кое-что из жиров, яйца, солонины или другого мяса, пару стаканов махорки, несколько книжечек курительной бумаги и 1-2 коробков спичек, или коробку папирос, или 5-100 см волокнистого табаку (легкого) и несколько головок чеснока. “Дорогая Лиля, просимую мной передачу (и вообще продуктовую передачу) прошу тебя приготовить мне и принести по возможности скорее, поскольку мне передачу, то есть на мое имя, примут от тебя вне всякой очереди (подчеркнуто – ред.). Заодно с табаком принести мне исправный мундштук (только не деревянный). Всего прошу прислать по силе возможности, за все буду страшно благодарен. Целую и обнимаю всех горячо. Просимое принеси по-прежнему адресу – тюрьма № 1. Твой Вагнер”. Дата написания письма – 18 апреля 1942 года. Он явно готовился к лагерю. Но отправиться по этапу Роман Егорович не успел: 13 мая 1942 года он умер в тюрьме от скоротечного туберкулеза. Ему было 57 лет. Всего его коллеги по Варшаве были также репрессированы.
Роман Егорович Вагнер был полностью реабилитирован в 1956 году.